Stefan Karner wurde 1987 in Leoben in der Steiermark geboren. Nach seiner Ausbildung an der Musikschule Knittelfeld und am Johann-Joseph-Fux Konservatorium in Graz absolvierte er Studien im Hauptfach Trompete an der Universität für Musik und darstellende Kunst Graz bei Prof. Uwe Köller und an der Musikhochschule Trossingen bei Prof. Wolfgang Guggenberger. Ergänzend dazu besuchte er zahlreiche Meisterkurse bei international renommierten Trompetern.

Er war Mitglied des Gustav-Mahler-Jugendorchesters sowie Mitglied der Orchesterakademie der Stuttgarter Philharmoniker. Weitere Orchestererfahrungen konnte er u.a. im  Grazer Opernhaus, im Grazer Philharmonischen Orchester, am Theater Würzburg, am Theater Freiburg und im Orchester der Südwestdeutschen Philharmonie Konstanz sammeln.

Seit 2016 ist Stefan Karner als Lehrbeauftragter für Trompete und Orchesterstudien an der Universität für Musik und darstellende Kunst Graz tätig. Weiters unterrichtet er an der Musikschule Kindberg, an der Musikschule Lieboch und ist Kapellmeister des Musikverein Lieboch.